マンガンは人体にとっての必須元素の一つです。いろいろな酵素の成分になったり、いろいろな酵素を活性化させたりする栄養素で、骨形成や代謝に関係し、消化などを助ける働きもあります。

不足すると成長異常、平衡感覚異常、疲れやすくなる、糖尿病（インシュリンの合成能力が低下するため）、骨の異常（脆くなる等）、傷が治りにくくなる、生殖能力の低下や生殖腺機能障害などが起こります。
しかしマンガンは川などの天然の水などに含まれ、豆類、ナッツ類、茶葉などの植物性の食品を中心に広く含まれていますし、人体に必要とされる量も微量のため、普通に生活していてマンガンが不足することはまずありません。